Причин школьной фобии много. Помимо индивидуальных, таких как психическое расстройство, это может быть плохая успеваемость по основным предметам или страх наказания. Существуют также причины, спровоцированные эмоциональным состоянием ребенка: смерть, болезнь, разлука с родителями, а также конфликтные отношения между учениками и учителями.