Иона прославился тем, что организовал в Новгороде приюты для сирот и вдов, а также совершением чудес. Одним из таких чудес стало прекращение моровой болезни, от которой в Новгородской земле умерло более 250 тысяч человек. Как сказано в летописи, Иона прекратил болезнь, совершив крестный ход в Зверин монастырь.