Омикрон появился как вариант, вызывающий озабоченность, только в ноябре 2021 года, но все содержащиеся в нем мутации, кроме одной, были описаны до этого.
Исследователи из Федерального университета Сан-Паулу (UNIFESP) в Бразилии при поддержке FAPESP связывают этот фактор с эффективностью существующих вакцин против варианта, что отражается в относительно небольшом числе тяжелых случаев и смертей, несмотря на повышенную трансмиссивность Омикрона, пишет medicalxpress.com.
Гипотеза выдвигается в статье ученых, опубликованной в Journal of Medical Virology (JMV) в виде письма в редакцию в январе 2022 года.
«В свете имеющихся на данный момент данных мы считаем, что существующие вакцины действительно эффективны против всех вариантов вируса, учитывая все обстоятельства. Они также могут быть эффективны против любых других вариантов, которые появятся в будущем», — сказал Рикардо Дурайс-Карвальо. последний автор статьи. Дурайс-Карвалью — исследователь, работающий в медицинской школе университета (EPM-UNIFESP), стипендиат FAPESP.
В октябре 2021 года, до того, как Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) признала появление Омикрона, в другом исследовании, проведенном Дюрес-Карвалью, было описано несколько мутаций , общих для ряда вариантов. Статья на эту тему опубликована на платформе препринтов medRxiv (еще не прошла рецензирование).
Группа проанализировала более 200 000 геномов SARS-CoV-2 и других коронавирусов человека. Они обнаружили идентичные мутации в разных штаммах, которые могут служить мишенями для будущих вакцин.
«Омикрон подтверждает наше исследование. Из 35 мутаций в шиповидном белке варианта <используемом SARS-CoV-2 для связывания со специфическим рецептором при заражении клеток человека> только одна была неизвестна. Двадцать пять были в RBD <рецептор-связывающий домен> 15 и RBM <рецептор-связывающий мотив> 10, области вируса, которые связываются с клетками человека и, следовательно, являются потенциальными мишенями для нейтрализующих антител», — сказал Дурайс-Карвалью.
«Это может объяснить, почему вакцинация до сих пор была эффективной, несмотря на то, что ни одна из вакцин на рынке не была разработана специально для Омикрона. с предыдущими волнами, которые произошли до появления вакцин или когда меньшая часть населения была полностью иммунизирована», — сказал Роберт Андреата-Сантос, первый автор письма редактору JMV. Андреата-Сантос — постдокторант EPM-UNIFESP со стипендией FAPESP.
Исследователи подчеркивают, что статья основана на данных, доступных в настоящее время на Omicron, и на геномах других вариантов, секвенированных до сих пор. По мере развития пандемии и сбора дополнительных данных может появиться возможность подтвердить их гипотезы.
Общие мутации
В исследовании, опубликованном на платформе препринтов в октябре, Дюрайс-Карвалью и другие соавторы проанализировали динамику распространения и эволюции вируса с течением времени в Бразилии, США и Индии за период с февраля по август 2021 года.Анализ показал увеличение количества сайтов мутаций в вирусном геноме, прежде всего в шиповидном белке, формируя то, что исследователи называют конвергентной эволюцией, означая, что разные варианты подвергаются идентичным мутациям, которые дают такие преимущества, как уклонение от иммунной системы хозяина или связывание. более эффективно для клеток человека.
«Мы показываем, что подавляющее большинство мутаций возникло в результате этого явления», — сказала Карла Торрес Бракони, профессор EPM-UNIFESP и один из главных исследователей исследования 2021 года.
Бракони входит в группу исследователей, которые работают над проектом, поддерживаемым FAPESP и возглавляемым Луисом Марио Рамосом Джанини, профессором EPM-UNIFESP и другим соавтором статьи JMV.
До февраля 2021 года было обнаружено девять сайтов направленных спайковых мутаций, а в период с этого момента по июль — 14. С распространением дельта- варианта наблюдалось больше мутаций белков-шипов, а также признаков рекомбинации — одного из факторов, который может привести к появлению новых вариантов.
Рекомбинация представляет собой перестройку генетического материала, особенно путем соединения сегментов ДНК из разных штаммов. Также наблюдались признаки рекомбинации с участием Омикрона.
В декабре исследователи проанализировали 146 полногеномных последовательностей Omicron из Австралии, Австрии, Бельгии, Ботсваны, Канады, Англии, Германии, Гонконга, Израиля, Италии и Южной Африки. Доказательства рекомбинации были обнаружены, когда были выровнены последовательности из бета, дельты и омикрона, что позволяет предположить, что совместная циркуляция нескольких вариантов может усиливать события рекомбинации.
«Увеличение циркуляции вируса увеличивает вероятность заражения одного и того же человека разными вариантами, что приводит к обмену генетическим материалом между вариантами», — сказал Данило Роса Нуньес, первый автор статьи 2021 года. Нуньес ведет исследования для получения докторской степени. в ЭПМ-ЮНИФЕСП.
Теперь исследователи планируют изучить, как сыворотка и плазма крови вакцинированных пациентов реагируют на различные варианты с выявленными ими мутациями. «Мы хотим использовать анализы серонейтрализации, чтобы выяснить, способны ли эти люди нейтрализовать различные варианты, включая Омикрон», — сказал Бракони.
Другим возможным следующим шагом было бы использование вычислительных моделей, чтобы попытаться предсказать, что каждая мутация изменяет в шиповидном белке и его способности проникать в клетки человека.
Объединив результаты этих экспериментов, исследователи могут выяснить эффекты этих мутаций, общих для нескольких вариантов, чтобы они могли служить мишенями для еще более эффективных будущих вакцин.
Как признают исследователи, пока невозможно быть уверенным, что доступные в настоящее время вакцины будут работать против будущих новых штаммов SARS-CoV-2, поэтому по-прежнему важно поддерживать социальное дистанцирование, носить эффективные покрытия для лица и завершить курс вакцинации в чтобы замедлить процесс эволюции вируса и свести к минимуму риск новых мутаций, способствующих уклонению от иммунитета.